正德武宗朱厚照
皇后夏氏
武宗元配，庆阳伯夏儒女。正德元年(公元1506年)册立为皇后。嘉靖元年(公元1522年)，被尊为“庄肃皇后”。十四年正月二十五日去世，谥“孝静庄惠安肃温诚偕圣毅皇后”。
第12任
嘉靖世宗朱厚充
孝洁肃皇后陈氏
世宗元配，元城(隶河北大名府)人，都督同知陈万言女。嘉靖七年(1528年)十月二日病故。
孝烈皇后方氏
世宗第三后，江宁人，左都督安平侯方锐女。世宗即位10年，尚未得子。大学士张孚敬上言：“古者天子立后，并建六宫、三夫人、九嫔、二十七妇、八十一御妻，所以广嗣也。隆下春秋鼎盛，宜博求淑女，为子嗣计。”世宗遂于嘉靖十年(1531年)三月，选方氏(即方皇后)、郑氏、王氏、阎氏、韦氏、沈氏、杜氏、九人册封为九嫔。
方氏被册封为嫔后的第三年，世宗的第二位皇后张氏被废。方氏因“端慎不怠，甚称帝意”，被册立为皇后。并册僖嫔沈氏为辰妃，丽嫔阎氏为丽妃以副之。
嘉靖二十六年（1547年）十一月十八日，方氏逝世，世宗因她在嘉靖二十一年的“宫婢之变”中救过自己的命，下令以元配皇后礼仪葬永陵，并命将其棺椁停放于皇堂（玄宫主室）棺床上左侧，经礼部大臣建议，仍命放置右侧。谥孝烈皇后。隆庆初，上尊谥“孝烈端顺敏惠供诚袛天卫圣皇后”。
孝恪后杜氏，
穆宗生母，大兴人，庆都伯杜林女。嘉靖十年（1531年）封康嫔，十五年（1536年）进封为妃。三十三年（1554年）正月十一日去世，赐谥“荣淑”，葬金山。穆宗即位，当时，孝洁陈皇后、世宗皇帝的棺椁一同葬入陵内。其安葬的情况有“依次列袝”的记载，这说明，永陵一帝三后系同葬一室。
第13任
隆庆穆宗朱载垕
孝懿庄皇后李氏
北京昌平人，礼部奉诏选得良家女1200人，李氏被选为裕王妃，暂住宫内，第二年二月行迎亲礼，正式册为裕王妃。
成婚两年后，李氏生子朱翊，嘉靖三十六年正月复生皇长女，嘉靖三十七年四月十三日，病故于裕王府。
孝安皇后陈氏，
北京通州人，国子监监生陈景行(陈氏入选裕王继妃后，嘉靖三十七年(1558年)九月选为裕王继妃，隆庆元年(1567年)册立为皇后。
陈氏无子，且多病，颇受穆宗冷落。万历二十四年七月十三日，陈皇后病故。神宗上尊谥为“孝安贞懿恭纯温惠佐天弘圣皇后”，葬昭陵。
孝定后李氏
通州永乐店人，神宗生母，初为宫嫔，待穆宗于裕王府中，隆庆元年(1567年)三月封皇贵妃，万历元年（1573年）被神宗尊为“慈圣皇太后”，万历四十二年二月九日病故，享年70岁
第14任
万历神宗朱翊钧
孝端显皇后王氏
神宗元配，浙江余姚人，永年伯王伟之女，生于京师。万历六年（公元1578年）二月册立为皇后。
孝靖皇后王氏
光宗生母。宣府都司左卫人，原任锦衣卫百户赠明威将军指挥佥事王朝寀之女。生于嘉靖四十四年（公元1565年）正月二十七日，万历六年（公元1578年）二月初二选入皇宫，初为慈宁宫宫人，侍奉孝定皇太后。后被神宗私幸有孕，于万历十年六月册封为恭妃，同年八月生光宗朱常洛。万历三十四年四月进封为皇贵妃，万历三十九年九月病故.
第15任
泰昌光宗朱常洛
皇后郭氏
顺天府人，博平伯郭维城之女。万历二十九年（公元1601年）册立为皇太子妃，四十一年去世。
皇后王氏
熹宗生母，顺天府人，新城伯王钺之女。初为选侍，因生熹宗，封为才人。万历四十七年（公元1619年）去世。
皇后刘氏
崇祯帝生母，宛平人，瀛国公刘应元之女。初为淑女，后被打入冷宫，病逝后葬京西金山。
第16任
天启熹宗朱由校
皇后张嫣
熹宗原配。河南祥符人，太康伯张国纪之女。天启元年(公元1621年)四月被册立为皇后。崇祯十七年(公元1644年)李白成农民军入城时自缢。
第17任
崇祯思宗朱由检
皇后周氏（？-1644年），祖籍苏州，生长于大兴（今北京大兴区人）。父周奎以兵马副指挥升五军都督同知，晋封伯爵。周后于天启年间入信王府。思宗（即信王）即位，立为皇后。崇祯十七年(1644年)三月，李自成农民军陷都城，帝令周皇后自裁，自缢而死。
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