嘉庆十五年四月，《皇清文颖的续修之事终于结束，董诰等人共计修成《皇清文颖续编一百余卷，上呈嘉庆。嘉庆欣慰之下，也为编修人员一一加恩赏赐，阮元也升了翰林院侍讲。侍讲一职本是从五品，但翰林之中，侍讲实际职务与编修并无多大区别，主要是品级上的晋升，如无其他职务，则大多只是闲职。正好这时嘉庆念及唐代诗文皆有不少佳作，曾祖康熙编定《全唐诗，尽收有唐一代诗作，可唐代文章却直到《四库全书修成，都没有一部总集。于是数年之前，嘉庆便下诏开始编修《全唐文，一并在文颖馆修定，阮元也便继续参与了《全唐文的编撰之事。
然而，让嘉庆也没有想到的是，这一日阮元竟主动提出，愿意兼领国史馆编辑。
“阮元，你与其他大臣，果然不一样啊。”嘉庆忽然听阮元主动请缨，希望修纂国史，一时也有些惊讶，对阮元道：“其他人在文颖馆有个兼职，就已经应付不过来了，你倒好，《全唐文编修之事还不够，又要修国史吗？朕也想听你讲讲，这国史之事，究竟有何难处，如今你竟然宁愿身兼二职，也要去国史馆再多办一份差事呢？”
“皇上，修书之事，臣在杭州已办过多次，总是有些经验，同时监修两部书，臣应付得来。”阮元也主动对嘉庆说道：“其实不瞒皇上，《全唐文编修之事，文颖馆已经集中了许多翰林，他们论经验，都要在臣之上，臣平日办事，不过与他们一同校阅《永乐大典，却也不以为难。但修国史一事，臣最近听国史馆的翰林言及，却是有个难处。国朝大臣事迹，宫中有档案，世家有年谱，朝廷有碑铭，寻将起来，却也容易。可类传从来是修史为难之处，譬如这《儒林、《文苑二传，臣清楚国朝百余年来，无论治学有成之人，还是诗文之上，独有成就之人，都不在少数。可如今国史馆中，大多国朝名儒名士，史料都不过寥寥数篇，如此修史，只恐后世学人，耻笑今日修史之辈治史粗疏，臣也担心那许多饱学宿儒、好文之士，身后声名竟不能流传，如此实乃憾事。臣在江南多与名儒名士有所交往，若是臣兼修国史，想来集中各人行状，当是不难，是以臣在此请命，愿意兼领史事。”
阮元所言乃是事实，但修史的另一部分原因他却没有提及，若是自己在史馆修史有成，嘉庆眼看自己有了功绩，对自己进一步升迁，进而让自己官复原级，也就不在话下了。果然，嘉庆听了之后，也对阮元点头道：“嗯，既然你有这个想法，又有修史之能，那这件事，朕也准了。阮元，从明日起，你可就要两处奔波了，若是辛劳疲惫，可不要怪朕没提醒你啊？”
“能为国朝修史尽力，是臣荣幸之事。”阮元答道。
“阮元，朕记得你之前收集四库未收书，给朕进呈了六十部，朕已另取一名，曰《宛委别藏，但朕记得，你说这未收之书不下百余部，现在你可有其他抄本？”嘉庆又问道。
“回皇上，臣缮写未收书之事，一直不敢怠慢，上次进书之后，这三年又成书四十部，臣自可将这四十部送来。此外，尚有七十部书，先前未及缮写，臣也自可尽快补上。”阮元听着嘉庆之语，知道若能继续进献未收书，也自可让嘉庆更为满意，便即上言道。
“如此甚好，你继续去办吧。”嘉庆问完进书之事，沉思半晌，却又向阮元问道：“阮元，你数年前进献给朕的那篇《海运考，朕近日又看了一遍，这海运之事，你如今想法，与当年相比，却是如何？是觉得海运可行，还是说已然尽不可行了呢？”
“回皇上，这……”阮元听着嘉庆相问，心中也不觉有些异样。嘉庆方才与自己言及修书、史馆之事，或是自己主动请缨，或是事关文学之事，也算自己本职之内，可这时嘉庆忽然问起海运，或许嘉庆心中，依然清楚自己为政之才。只是心思虽想到这里，阮元一时却也没有正面对答，而是暂退一步，问道：“皇上，臣治才粗疏，不知皇上所问，应该如何对答。”
“阮元，你若是治才粗疏，那这大清朝，还有几个督抚能让朕放心啊？”嘉庆不觉叹道，阮元听到这里，才渐渐放心下来。只听嘉庆又对他言道：“不过这些年你漕务之事涉及的少了些，或许漕运的难处，你一时也不清楚。嘉庆十年到现在，六年了，每一年江淮之处，都是暴雨倾盆，加上黄河泥沙淤积，一年甚于一年，以至黄河大堤，竟然无年不决！朕清楚朝廷治河用银，雍正之时不过八十万两，可三年前朕却发现，这河工物料的价格，已经涨了两到三倍，没办法啊，朕也不能逼着民间强买强卖不是？可这一下子，河工开支竟每年要多出一百六十万两，如此方能保河堤坚固，但这河堤到了第二年，却还要重修。若是这样下去，非但各省亏空赔补，徒劳无用，就是漕粮北运，也必然延误许多时日，戴衢亨、托津，朕都派去修过河堤，可他们一走，情况还是没什么变化。几年来，有人建议在河口处改道，开王营减坝，向北分流水势，朕也试过，可稍一实行，黄河沿岸便是水溢数尺，这样根本实行不了啊？若是之后几年，雨灾决堤之事依然如故，这漕粮北运，只怕就要耽搁一大半了。所以，朕最近这些时日，也想着重开海运之议，若是海运可行，便分一部分漕粮出来，走海运北上京师。既然你写过这《海运考，其中之言，也多有涉及海运可行之处，朕也想先问问你的看法。”
“既然皇上如此相问，那……臣还是以前的看法，海运乃万不得已之举，然亦非绝不可用之法。先前元朝海运，虽有漂失，然只要行之数年，海船熟悉运道，漂失之事便可大减。至于集中海船的港口，雇用运丁之事，臣先前也都曾经言及。只是……既然皇上言及如今用银，仅仅治河开支，便已经数倍于前，这海运诸事，无论修海船、雇水手，也都需要一笔开支，这笔开支眼下如何能够省出来，各省是否尚有余银，这些臣未经实务，便不清楚了。”阮元想着这时海上情况，便也将其中利弊，以及未决之处，一一告知了嘉庆。
“也就是说，如今若是要行海运，依然困难了？”嘉庆问道。
“皇上，臣不是说海运之事一定困难，若以臣在浙江所见，浙江亏空，不数年便可赔补，届时以府库之盈余，充海运之用，似无不可，即便现在要用，旧亏不过晚补上几年。可海运一事，涉及江浙两省，江苏如今有无亏空、亏空多少，能否如期补足，臣便不清楚了。”阮元答道。
“江苏吗……”看嘉庆的神情，江苏的亏空问题似乎比浙江严重很多。
过了半晌，嘉庆方才回过神来，对阮元道：“也好，既然如此，朕也给江浙两省去一道上谕，让两省督抚，尽快调查海运是否可行之事，两江总督勒保、江苏巡抚章煦、浙江巡抚蒋攸铦……也都是朕信得过之人，朕不想逼着他们强办海运，但若是有这个条件，为何不去一试呢？”先前闽浙总督阿林保调任两江总督，不过半年便即死于任上，继任的松筠因勘察蒙古、盛京土地之故，也被嘉庆调离，这时的两江总督已换成了白莲教战争中长年主持战事的老将勒保。
“皇上明察，海运之事，正需两省合议，方有应对之法。”阮元也对嘉庆答道。
这一日阮元奏事已毕，便即退下。而通过最后的海运之问，阮元也逐渐确信，嘉庆多半日后还会在地方督抚要任之上，对自己委以重用。只不过时机未到，尚需自己先在文史二馆有足够功劳可称，嘉庆方有晋用自己的理由。
而不久之后，嘉庆也相继对勒保、章煦、蒋攸铦三人下了旨意，让三人用一年时间，详细考察海运是否可行之事，对海运一切实行细节，务必探察得当，一年之后，再综合各处情况，回禀自己海运可行与否。
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