爱因斯坦每天都要基于理论前提做一些思想实验，试图揭示出背后的实在。他后来说：“对现实问题的关注激励我去弄清楚理论概念的物理结果”。
同时，在他为了本职工作的专利申请而不得不去考虑的观念中，有一些或许有助于他形成科学思想，比如通过光信号校准时钟的数十种新方法。
仁慈局长哈勒尔在仁慈可爱之余还教导爱因斯坦，告诉了他一个信条，不仅适用于专利审查员，而且也适用于一个具有创造性的叛逆的理论家：“你必须时刻保持高度警惕。质疑每一个前提，挑战传统看法，永远不要仅仅因为所有人都赞同就接受一件事物。勿要轻信。当你拿起一份申请时，要先假定发明者所说的一切都是错误的。”
爱因斯坦在1902年8月15日-10月3日给阿劳州立中学的校友、在温特图尔技术学校任职2个月时结识的汉斯·沃温德（1878年-1962年）的信中描述了自己的伯尔尼专利局的工作和生活：
“我现在忙得不可开交。每天8个小时在局里工作，而且至少还要花1个小时给私人授课，此外，我还要做一些科研工作。这就是我为什么拖了这么长时间才给你回信的原因。甚至每天中午1点至2点之间我也不在家，而是与一个朋友（注：莫里斯·索洛文）一起阅读一本哲学著作。”
虽然工作繁忙，物质生活也不算富裕，但爱因斯坦很喜欢在专利局的工作：“我很喜欢局里的工作，因为这里的工作非常多样化，并且还要花费不少脑筋。而这一点比优厚的薪金更合我的心意。我非常愿意住在伯尔尼这个地方，之所以如此，是因为我在此地的熟人均非平庸之辈，因而我能享受到相对来说较多的自也。你来看我时就会了解到这一点。”
在给汉斯·沃温德的信中，爱因斯坦还透露了家里的不幸，父亲赫尔曼病重了：“我的女房东有一把绝妙的小提琴，伯尔尼有着美丽的乡村，而我又心情愉快，无忧无虎，除了我父亲不幸病重外，我现在几乎没有什么要操心的了。”
1902年10月，赫尔曼·爱因斯坦因心脏功能紊乱而病重，在他的病情开始恶化时，刚入职伯尔尼专利局的长子阿尔伯特·爱因斯坦专程到意大利米兰陪伴他走完了生命的终点。长期以来，他们的关系一直是疏远和慈爱兼备，直到最后也是如此。10月10日，在临终之时，赫尔曼终于同意了儿子迎娶米列娃。然后，当最后一刻来临时，赫尔曼要他们所有人都离开房间，他希望自己自行离开人世。爱因斯坦后来说：“父亲的去世是我所经历过的最深的创痛。我第一次感到天旋地转，被一种极度的孤独感所笼罩。”
爱因斯坦的父亲赫尔曼生于1847年，生性随和，学生时代对数学有强烈的爱好，1876年迎娶小自己11岁的保莉妮·科赫，夫妻关系和睦，两人育有一个儿子阿尔伯特（即相对论之父爱因斯坦）和一个女儿玛雅，大半生在不成功的生意中奔波，1902年去世，终年55岁。
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