黑夜。
柯南躲在闲桥车站投币式铁柜储物箱内，身体蜷缩，小心翼翼的屏住呼吸，不敢发出丝毫的声音。
外间两名黑衣男子的脚步声传来，一步步踏在他的心上。明明是冬天他却觉得好热，出了一身汗，心底乱如麻絮，事情怎么会变成这样？明明，明明他的计划很完美啊，伏特加的行动全都按照他预想计划进行，可惜还是被琴酒发现了不妥！
时间回到十个小时之前。
今天下午有三个人来到毛利侦探事务所内，委托毛利叔叔找一名帮他们设计软体的程序员板仓卓。柯南在听他们交谈时听到曾有一名蓄着胡子，关西口音的彪形大汉在两年前到板仓卓的公司约他见面，而且曾在几个月前的满天堂发布会上也见过他。
柯南顿时着急起来，没有错，按这位相马先生的描述这个人就是黑衣组织的龙舌兰！那么找到板仓卓的下落，就有可能收获黑衣组织的信息！
等他们一行人在米花饭店的2004号房找到板仓卓时，却发现他已经倒在桌上死去多时，柯南费劲心思破获案件后趁机拷贝了一份板仓卓留下的日记。他急不可耐的扯了个理由要去阿笠博士家打电动的理由和小兰姐姐告别，打算连夜看看板仓卓的日记里留下的线索。
等到了阿笠博士家用电脑打开板仓卓的日记磁盘，里边果然记录了关于黑衣组织的信息。
跨度五年的日记里分多次写明察觉有人一直在监视他，并偷偷进了他的家和办公室。板仓卓的内心随着时间变得崩溃，到后来主动联络对方，接电话的变为一个女人，同样提出要求要买他手里正在开发的系统。他意识到这个女人和之前去办公室找他的关西口音男人是一伙的。
后来，他和那个高傲的女人转为用电子邮件沟通，并给他一年时间开发，约定会用高价收买。板仓卓日记里提到自己并不情愿继续开发手里的系统，不仅仅是因为眼睛情况恶化，同样是为了所有人类的福祉着想。
看到这，柯南和阿笠博士都很纳闷，怎么一个系统还能联系到人类的福祉了？
继续看下去，“2月9日，他们给的期限就快到了。我把未全部完成的系统软体和他们给来的头期款支票藏在了别墅的电脑里，我打算逃到国外过隐居的生活。我很清楚过几天他们就会用电子邮件联系指明软体交付的时间和地点，但那也是五天后的午夜了。”
日期在4天前，这表示3个小时后会再发邮件。
“2月10日，不知道他们那些人到底想要做什么。我曾在电话里问那个女人，没想到她居然用英文回答我：We be both of god and the devil，Since we're trying to raise the dead against the stream of time.”
柯南毛骨悚然，默念出声：“我们不但能当上帝也能当恶魔，这是因为...”
灰原哀不知在他们身后看了多久，出声接道：“我们企图反抗时间洪流，让逝去的人复活。”
柯南和博士吓了一跳，面对灰原质问他们在干嘛笑着解释说在一起看恐怖虚幻小说。
灰原哀：“......你们好无聊，我要去睡觉了。”
趁灰原哀去睡觉，柯南拉起博士就驱车赶往板仓卓在群马县的别墅。
阿笠博士有些担忧板仓卓的别墅周围会不会有黑衣组织的人，柯南淡定翻着手中的笔记本解释：“放心吧，板仓先生很敏感，日记里已经写明要求他们不要在他附近探头探脑了。”
柯南心情雀跃，去到别墅拿到板仓卓遗留的系统软件，再等黑衣组织的邮件发来，说不定能抓到更多的线索！
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