夕阳的余晖洒落在游町码头，为即将远行的少年们镀上了一层金色的光晕。小澈和圣代，脸上带着不舍的笑容，向小智一行人告别。但是他们本应搭乘着通信船，返回阔别已久的本土大陆，却因误了时间而与船只失之交臂。失望的情绪在空气中蔓延，仿佛连海风都带着几分哀伤。
就在这时，一只受伤的墨海马挣扎着跃出水面，它那双闪着幽幽蓝光的眼睛似乎在向他们传递着某种信息。小霞心生怜悯，将它轻轻捞起，温柔地安抚着它。
突然，一声巨响打破了宁静，码头附近的船只如同被巨手掀翻一般，迅速沉没。小智等人迅速行动，将落水的人员救起。原来，他们是游町码头金婆婆的手下。金婆婆为了修建一座豪华度假酒店，不惜将珊瑚礁改造成巨大的水泥建筑。然而，那片珊瑚礁却是玛瑙水母的家园，它们的生存空间被无情地破坏，愤怒的水母们对人类展开了报复。
金婆婆为了驱赶这些水母，不惜重金聘请能人异士，火箭队三人组也闻风而来，企图利用水母的愤怒为自己谋取利益。然而，火箭队的行动却适得其反，一只被国产三杯醋砸中的玛瑙水母受到刺激，发生了变异进化，变成了体型巨大的毒刺水母。
毒刺水母的力量远超寻常水母，小智等人派出自己的宝可梦迎战，却纷纷败下阵来。毒刺水母控制了喵喵的身体，借喵喵之口向人类传达着它们的不满。皮卡丘乘着比比鸟飞翔在玛瑙水母的包围圈中，试图与毒刺水母沟通，但它的话语却激怒了毒刺水母，眼看一场灾难即将降临。
小霞不顾自身安危，冲到房顶上，望着怒火中烧的毒刺水母，用温柔的声音恳求道：“请你带领大家回到海里吧，我们人类已经吸取了教训，今后会与你们和平共处。”
毒刺水母似乎被小霞的真诚打动了，它缓缓地转过身，准备离开。就在这时，小澈突然站了出来，他目光坚定地望着毒刺水母，语气中充满了自信：“毒刺水母，我想收服你，来对战吧！”
海风吹动着小澈的发丝。他望着眼前庞然大物般的毒刺水母，眼中闪烁着坚定的光芒。这头水母体型巨大，触手如钢铁般坚硬，散发着令人胆寒的毒性，宛如海中巨兽，威压着所有人的心。
“小澈，你在干什么？”小霞和小智还有小刚，以及周围的游客，都发出惊呼，他们仿佛看到了一个无知的少年，正要踏上一条危险的道路。他们好不容易才平息了毒刺水母的怒火，可现在小澈竟要收服它，这不是让他们之前所作的一切都前功尽弃吗？
然而，小澈却仿佛没有听到他们的惊呼，他坚定地站立着，目光直视毒刺水母，脸上带着一丝自信。
“都闭嘴，小澈这么做肯定有他的理由的。”圣代的声音，如一缕清泉，流淌在每个人的心间。她深信小澈是不会伤害宝可梦的，他这么做一定有自己的理由，而她，将坚定地站在小澈的身旁。
小澈仿佛感受到了圣代的信任，心中涌现出一股暖意。
为了圣代的安危，为了让所有人明白自己的决心，小澈故意放大声音，对着毒刺水母说道：“毒刺水母，你也知道自己进化后的体形不可能这么大的吧，为了你的身体着想，和我进行战斗吧。我保证会治好你的。”
小澈的话语，带着真诚，带着理解，带着一丝希望，仿佛一束阳光，照亮了所有人的心。
圣代也终于松了一口气，她知道，自己的小澈，永远不会伤害任何一只宝可梦。她手中的精灵球也微微放松了几分，脸上露出了欣慰的笑容。
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