民主共和党领袖
托马斯·杰斐逊就任美国第一任国务卿，杰斐逊敏锐地预感到现在的政府行为在某种程度上是对民主的挑战，他和麦迪逊站在同一立场上，开始了与财政部部长汉密尔顿针锋相对的斗争，这使得政府内部开始形成民主共和党和联邦党两大政治派系，杰斐逊和麦迪逊成了民主共和党的领袖。他们创办了一份报纸--《国民公报》，来消除亲联邦党人的《合众国公报》的影响，这份报纸的目的主要是揭批汉密尔顿的"君主制阴谋"，几乎所有汉密尔顿的财政政策都被该报指责。这份报纸的出现，奠定了杰斐逊在民主共和党的领导地位。
通过专利法
1790年，华盛顿就任总统的第二年，他就让托马斯·杰斐逊尽快确立专利保护制度。就在华盛顿总统任内，杰斐逊一手操办，美国通过了保护创新和发明的专利法，从此美国成为世界上保护创新最严格的地方。
《议会实施手册》
1796年，杰斐逊被选为副总统。在此任间，杰斐逊写了《议会实施手册》，阐明了许多有关议会的规则，直到现在仍在美国国会两院实施。
起草《肯塔基决议案》
1798年7月，联邦党人多数派通过了《外国侨民法》和《镇压叛乱法》，等于取消了保障人民自由和权利的宪法的前10条修正案。因此，这两个法津遭到了杰斐逊的坚决反对，同年，他起草了《肯塔基决议案》，严厉谴责了联邦政府摧残民主权利的行为，重申州权理论，并鼓舞民主共和党人要坚持斗争，迎接1800年的大选。
教育成就
起草教育法案
托马斯·杰斐逊强调教育是国家的事务，要通过立法来办教育，并且主张把帮助学校办教育写进宪法。作为一名教育实践家，他先后起草了《关于更普遍地传播知识的法案》《关于改革威廉与玛丽学院宪章和法案》《建立公立小学制度的法案》《关于建立弗吉尼亚大学的法案》《弗吉尼亚大学章程》《弗吉尼亚大学的目标与课程规程》《弗吉尼亚宗教自由法案》和《公共图书馆法案》等与教育有关的近10部法案和其他法规文件。其中，他于1779年在弗吉尼亚州提出的《关于更普遍地传播知识的法案》，通过呼吁建立广泛的公立学校制度来教育人民。不仅为美国各州和欧洲各国提供了一个周密而完善，合理而可行的公共教育制度的法制蓝图，而且作为"美国公共教育的第一个宪章"载入史册。
创建弗吉尼亚大学
托马斯·杰斐逊十分重视教育的价值，他试图将威廉与玛丽学院改造成为州立大学，并为之努力多年，但最终归于失败。他认为，教育是防止暴政、维持和巩固共和主义实验并使其变得强大的手段。然而，他无法在弗吉尼亚州找到培养共和主义理念的爱国者和不受教派限制、充分传授全部有用的学科知识的大学。
弗吉尼亚大学的创建最早源于阿尔伯马尔县的中心学院。因为弗吉尼亚州夏洛茨维尔镇附近地区缺少足够的学校，当地居民很早就提出了建立阿尔伯马尔学院的要求，并最终于1803年获得了建校特许状。但是直到1814年3月25日，学院董事会才召开第一次会议，杰斐逊建议选举补充空缺的董事职位以达到法定人数，会议最终选出了18人组成的新董事会，并任命了董事会zhuxi和秘书。会议决定成立"筹资委员会"，着手发行彩票、募集捐赠、争取州的拨款等措施为学院筹措资金，同时成立校址委员会以确定校址。杰斐逊应董事会请求撰写了组建大学计划的报告并提交给州议会。州议会拒绝了"每年将文化基金的全部利息拨付学院"的请求。但是同意将出售荒地所得及利息拨付给学院，对申请中提出的"减少董事会人数，明确其职权责，改学院名为中心学院"等要求予以批准。
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