1816年2月14日，州议会批准了《在阿尔伯马尔县建立学院的法案》。由阿尔伯马尔学院开始的建校努力在改名为"中心学院"的条件下得以延续。杰斐逊向州长尼古拉斯提议，改组原有董事会，按照"代表广泛性"的原则，在全州范围内选择最具代表性的人担任董事。尼古拉斯州长采纳了这个建议，最终任命杰斐逊、詹姆斯·麦迪逊、詹姆斯·门罗等人组成新一届的董事会。1817年5月，中心学院第一次董事会会议在夏洛茨维尔召开，通过了此前由杰斐逊等人选定的校址，同时任命了学监兼财务主管。经过清查学院资产状况发现，学院的资金仅有捐赠的.33美元，根本无法支撑杰斐逊宏大的建校计划。为此，杰斐逊试图争取州文化基金的支持。然而，弗吉尼亚州议会对公共教育的兴趣主要在针对穷人的初级学校上，他们主张将文化基金用于初级学校。而杰斐逊关注的是一所教授最高程度科学的州立大学，并提出了详细的建设计划和原则。此次争取文化基金正是迈向大学的必要步骤。杰斐逊的建校计划在州议会上引发了激烈的讨论。一些议员反对政府支持公共教育，即便支持，也应支持学院而不是大学。
1817年10月，杰斐逊起草了《建立公共教育体系的法案》，提出"不花文化基金一分钱"来实施初级教育的计划，以及建立地方学院和一所大学的提议。1818年2月，参议院以14:3的票数通过法案，规定每年拨给初级学校美元的资金，拨给"弗吉尼亚大学"美元的资金。
1818年2月，经过多方努力，建立一所大学的议案最终获得了州议会的通过。杰斐逊通过搜集本州各县的距离、人口、道路交通等信息，以此来论证中心学院所在地乃是州的地理中心和人口中心。随后，他又统计了阿尔伯马尔县超过80岁老人的数量，以证明其气候有益健康。中心学院最终成功被确定为大学的校址。此后，杰斐逊就立法议会提出的其他要求起草报告，形成了《关于弗吉尼亚大学选址委员会的报告》，又称《弗吉尼亚大学筹备委员会报告》。该报告是杰斐逊按照弗吉尼亚州议会的要求为弗吉尼亚大学建校构想撰写的报告，详细阐述了杰斐逊的州立高等教育理想，被称为"大学的蓝图对大学设置与面貌起了决定性的作用"，是"美国教育史上发布的这类文件中最有意义和最富启发性的"。杰斐逊为这所大学设想的目标包括:
1.培养政治家、议员和法官，他们乃民众繁荣昌盛之所依，个人幸福快乐之所系;
2.阐述讲解政府的原则与架构，指导国家之间交往的法律、我们自身所赖以治理国家的法律，宣扬一种合乎理性的立法精神，在杜绝一切对个人行为所强加的不合理和多余的限制的同时，使我们在不侵犯他人相同权力的情况下享有行动自由;
3.协调、促进农业、制造业、商业的利益，并通过形成广闻博见的政治经济见解，为公共工业营造一个自由空间;
4.发展青年人的理性思维能力，丰富其思想，培养其德行，发展其美德与秩序之精神;
5.教授数学和物理科学知识，促进艺术的发展，增进人类生活的健康、生机与舒适;使之养成思考及正确行动的习惯，成为他人的道德典范、同侪幸福的表率。
为实现这些目标，杰斐逊设计了一个包含古典课程和现代实用课程的广博课程体系。杰斐逊排除了神学课程，把讲授与道德有关的规范与责任划归到伦理学教授讲授的范围，从而第一次在大学实践了宗教自由原则。
1818年12月8日，《弗吉尼亚大学筹备委员会报告》正式提交到议会。1819年1月18日，众议院进行表决，中心学院以114:69的多数票赢得了决定性胜利，最终确立为大学校址。五天后，参议院以22:1的票数通过并批准了《建立弗吉尼亚大学的法案》，给予大学法律地位的建校特许状，正式确立了中心学院所在地夏洛茨维尔作为弗吉尼亚大学的校址，并将中心学院与弗吉尼亚大学合并，其资产转移给弗吉尼亚大学，弗吉尼亚大学成为了具备合法性的法人团体，弗吉尼亚大学正式诞生。
弗吉尼亚大学课程设置的基本原则主要体现在《弗吉尼亚大学筹备委员会报告》中。报告将开设的课程分为10大门类，分别是古代语言、现代语言、纯数学、物理数学、自然哲学、植物学和动物学、解剖学和医学、政治学、法学和道德哲学。除了正式规定的课程之外，还有三类非正式课程:身体锻炼和军事演习;手工训练;舞蹈、音乐和绘画。这些占据娱乐时间用来丰富生活的活动交给辅助的教师负责，由学生自费完成，大学可以提供场地。杰斐逊以"实用"为标准的课程选择原则影响了南部和西部一大批新兴州立大学的课程设置，代表了实用主义高等教育哲学在美国的最初发展。
1824年，弗吉尼亚大学董事会接受了选修制，在章程中明确规定"每位学生都有且只有参加自己选择的学院的自由"。与今天的选修制不同的是，这种选择自由是选择学院的自由而不是选择具体科目的自由。由于当时知识专业化程度较低，许多学科尚未分化，在实际意义上，这种选修是一种学科大类的选修，而且一旦选定就要跟随教授学习固定的课程。选修制度的实施是杰斐逊学术自由原则在学习自由上的具体体现。与此前教派学院中单一的必修课程截然不同，它给予学生选择学院和修学年限的自由，从而在整个美国高等教育中开创了一种新的课程管理制度。
在学生管理上，杰斐逊认为，建立在恐惧之上的管理不会带来良好的品行，相反，用荣誉和自尊引导充满生气的年轻人才不会使他们做出丧失体面的轻率举动。为此，他将维持纪律的责任更多地留给了学生，建立了由6人组成的学生自治团体，他们"由教师从最正直的学生中选出，其职责是成自治团体、调查真相、提出惩罚建议。"董事会建议，被指控犯有轻罪的学生由他们的同龄人来处理，让他们从中学会自我管理与合作;重罪则要受到教师的详细审查。
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